在食品行業，噴霧干燥設備是一個矛盾的存在，它既能夠讓食品保持良好的外觀和原有的營養價值，從而生產出咖啡伴侶、蛋黃粉、奶粉、湯料、果汁粉等產品，也存在動力消耗大、體積過大、易發生粘壁現象、一次性投資大等缺陷，在國家環保重壓以及人們對食品要求越來越高的情形下，噴霧干燥設備要保持其在食品工業中的地位還需多加努力。

粘壁現象是妨礙噴霧干燥機正常操作的一個突出問題，富含動物油脂的食品物料往往會沉積在干燥室壁面上。隨著時間的流逝，這些食品物料會逐漸演變成為污染源，危害食品健康。因此，不少噴霧干燥機的生產企業聯合專家學者探索出一些解決粘壁問題的辦法。
       體積過大面臨著放置區域的限制。隨著人們對食品生產條件的重視，不少食品企業都建造了三十萬級或十萬級的無塵凈化車間，但噴霧干燥機由于體積龐大，不能整體都放在潔凈區域，不少企業會選擇將收集物料的部分放在潔凈區，其余部位在別處放置。面對這種情況，需要噴霧干燥設備系統提高密閉性能，防止外部環境污染。
       噴霧干燥機在作業時需要成品的顆粒大小分布、殘留水份含量、堆積密度和顆粒形狀符合精確的標準，制作出來的顆粒才能得到理想效果。以堆積密度為例，在噴霧干燥機過程中，堆密度是食品的重要特性之一，在操作過程中每種措施都要確保達到最佳的堆密度。影響堆密度有粉料溫濕度、進料溫度、粒度分布、吸入干燥空氣溫度、產品排出溫度、空氣接觸方式、噴霧器型式及在噴霧干燥器中所設置的位置等有關。要保障食品原物料的堆積密度達到理想效果需要經驗豐富的老師傅進行坐鎮。但隨著智能化時代的到來，如果噴霧干燥機能夠根據物料的濕度、位置、顆粒大小等自行分析判斷物料所需的噴霧溫度、時長等就能大大降低設備對人的依賴。